对于商业秘密侵权纠纷的处理，有的商业秘密权利人先通过刑事诉讼程序取得相关证据，再通过民事诉讼程序请求赔偿；有的商业秘密权利人在通过民事诉讼程序维权成功后，发现侵权人继续从事侵权行为，又启动了刑事诉讼程序。罔此，在审理商业秘密侵权民事案件和刑事案件时，会存在在先的商业秘密刑事和民事判决，我们称之为商业秘密刑民交叉案件。

在现实中，商业秘密刑民交叉案件的刑民判决结果可能存在如下冲突或者不协调之处：
（1）在先的刑事诉讼程序已经认定构成侵犯商业秘密罪，但在后的民事诉讼程序中，通过双方当事人充分的举证、质证和辩论，却发现原告请求保护的信息不构成商业秘密。
（2）在先的刑事诉讼程序中，检察院以证据不足作出不起诉决定，而在后的民事程序中法院判决被告赔偿原告50万元以上的损失。

上述冲突或者不协调引发了关于商业秘密侵权案件的刑事程序与民事程序的孰先孰后的争论。对此，主要有三种意见，一是认为一般应先刑后民；二是先刑后民是处理刑民交叉案件的基本原则，但也不是唯一的原则，在保护“私权”并不妨碍“公权”行使的情况下，应让“私权”优先；三是认为应遵循先民后刑的原则。

然而，在深入思考之后，笔者感到商业秘密侵权案件刑民程序孰先孰后似乎是个伪问题。在理论和实务研究中，之所以提出这个问题是由于涉及同一商业秘密的刑事与民事案件之间存在冲突与不协调。为了从根本上消除冲突与不协调，有观点认为根据商业秘密的权利性质，商业秘密侵权案件应当民事程序先行。但是，在当前的法律框架下，刑事程序与民事程序无论哪个启动在先均有其法律依据。当然，这些冲突和不协调无疑应当是消除的。其可行办法是对诉讼程序的完善和控制。这就首先需要分析是什么原因造成了这些冲突与不协调。应当说，刑民两种诉讼程序的证据标准、程序要求或者刑事犯罪中“重大损失”与民事侵权的损害赔偿额的计算方法不尽一致是造成这些冲突与不协调的部分原因。我们需要分析商业秘密刑事与民事诉讼程序制度上和实践操作中的不同，并在工作机制的安排上最大限度地减少上述冲突与不协调。

商业秘密侵权民事诉讼与商业秘密犯罪刑事诉讼的区别主要有二：一是两种程序中对商业秘密的成立及商业秘密侵权行为的认定的举证责任和证明标准不同，二是经济损失是否作为构成要件及其计算方法有区别。

前者因属于刑事诉讼与民事诉讼的普遍区别，此不赘述。对于后者,即商业秘密犯罪刑事诉讼中经济损失的认定，有的法院提出如下问题：研发成本是否可以纳入侵犯商业秘密罪中的重大损失的范围？研发成本纳入损失范围是否以《不正当竞争司法解释》第17条规定的“已为公众所知悉”为前提？如果可以的话,全部研发成本纳人损失范围是否合理？被控侵权产品未销售从而未造成损失不构成犯罪的抗辨理由是否成立？成立公司生产侵权产品所缴纳的出资是否应该依法予以没收？权利人支出的保密费是否应纳人侵权损失？对于成立公司进行侵犯商业秘密犯罪的，是否以单位犯罪论处？对于个人违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求,到其他公司任职，披露、使用其所掌握的商业秘密的，该公司是否应和个人作为共同犯罪主体或共同侵权主体？

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