现如今，商业秘密保护已是企业对其技术信息、经营信息、管理信息采用的主要保护手段，成为企业获取竞争优势的重要资源，也成为各国知识产权发展和保护不可或缺的重要的组成部分。作为监管机关的工商机关在商业秘密行政保护方面大有可为。在工商机关的商业秘密行政保护中主要为接受当事人的投诉，进行相应的商业秘密调查取证行动，进行行政处罚的基本步骤；类似其他知识产权侵权案件一样，工商行政保护是一种便捷和高效的保护手段；

与其他不正当竞争案件相比，侵犯商业秘密案件调查有其特殊性，除权利人和被申请人负有举证责任外，工商机关兼有主动调查取证和对权利人及被申请人举证进行质证的双重责任。

质证不是获取新证据，而是根据证据规则即排他性规则，排除其他任何可能性的存在，对权利人和被申请人提出的证据进行排除疑点的认定工作。只有通过监督检查机关的质证，当事人的举证才能作为定案的依据。

工商机关在商业秘密调查取证工作主要包括以下三方面：

一是引导当事人举证。工商机关根据《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》，引导权利人和被申请人对自己的主张提出证据。特别是对权利人主张其信息具有独特性以及被申请人主张反向工程获取信息等方面，可以要求当事人提交权威部门的鉴定结论。

二是针对当事人提出的线索进行调查取证。对权利人和被申请人提出旨在证明对方不利的线索，工商机关必须依职权进行调查取证。

三是主动开展调查取证。工商机关主动调查应注意三个问题：第一，防止包揽应由当事人举证的部分；第二，防止片面地开展调查取证工作，只对商业秘密和窃取、披露商业秘密进行查证，而对排挤竞争和经营状况未做查证，因此无法证明被申请人经营活动所依据的方式、途径与申请人的商业秘密存在竞合，当事人双方经营项目或产品存在竞争关系等关键事实；第三，对侵权人经营活动进行调查时，要查证其经营中使用的技术信息和经营信息，并且与权利人的商业秘密进行比对，对二者的同一性或等同替代性进行认定。例如，在一起某塑胶公司诉张某侵犯商业秘密案中，权利人未对客户名单不为公众所知悉的性质进行举证，而被申请人举证可以轻易从公开渠道获取或者通过推断获取名单。工商机关主动对权利人的经营状况进行认真调查，把包含了特殊需求信息的“客户名单”认定为商业秘密，从而认定被申请人的行为构成了侵犯商业秘密行为。

工商机关应充分发挥商业秘密行政保护效率较高、程序简便的优势，在办案时强化以下工作：快立快结，缩短审理时间；当事人举证和主动查证有机结合，立足职责主动开展调查取证工作；准确把握构成要件，最大限度地保护权利人所有的商业秘密；加大监督检查和行政处罚的力度，适当加大罚款额度；损害赔偿和刑事追责并重，鼓励权利人通过司法途径取得损害赔偿。